• Nombre de la compañía : CareDx
  • Área de aplicación: Next Generation Sequencing (NGS)
  • Año de fundación : 1998
  • Ubicación : USA
  • Página web : https://www.caredx.com/

Coincidencia genética de próxima generación utilizando tecnología de captura híbrida

Una nueva metodología de tubo único para la preparación de la biblioteca que agiliza el flujo de trabajo de laboratorio y permite la captura completa de los genes HLA, con la oportunidad de contenido expansible dirigido a genes adicionales relacionados con el trasplante.

Características clave

  • La indexación temprana permite un flujo de trabajo de tubo único
  • Normalización basada en perlas: sin ajuste manual de [ADN]
  • Los genes HLA completos y los genes adicionales asociados al trasplante se capturan mediante sondas.
  • Se puede agregar nuevo contenido genético sin afectar el flujo de trabajo de un solo tubo
  • Compatible con las plataformas Illumina; MiSeq, MiniSeq e iSeq
  • Una plataforma: el conjunto de soluciones AlloSeq ofrece potentes pruebas previas al trasplante y vigilancia posterior al trasplante a la plataforma de secuenciación Illumina.

Assay Workflow

El ADN genómico se une inmediatamente a las perlas y posteriormente se fragmenta e indexa, lo que permite una agrupación más temprana. Este flujo de trabajo optimizado permite una mayor flexibilidad de la muestra al tiempo que reduce el riesgo de confusión y contaminación de la muestra.

Muchas de las químicas actuales basadas en amplicones utilizadas para la tipificación de HLA requieren la configuración de múltiples reacciones de PCR de largo alcance. Los pasos posteriores de limpieza individual, normalización y fragmentación requieren un uso excesivo de la punta y la placa.

Después de la etiquetado y la indexación, los fragmentos de la biblioteca se limpian y se seleccionan los tamaños usando perlas magnéticas. Las bibliotecas se agrupan en un solo tubo donde las regiones de interés se hibridan y se capturan utilizando sondas. Después de un enriquecimiento final y una limpieza del cordón magnético, las bibliotecas preparadas se cuantifican y desnaturalizan antes de cargarlas en un instrumento de secuenciación Illumina.

Coverage of HLA Loci

Captura completa de todas las regiones exónicas e intrónicas, así como las UTR circundantes.

* Basado en TruSight HLA v2

La tecnología de captura va más allá de las limitaciones de la PCR de largo alcance, donde las químicas actuales de amplicones a menudo luchan por amplificar el Exón 1 en DRB y DPB1, debido al largo intrón entre Exón 2. El uso de sondas para capturar todo el gen proporciona una secuenciación completa del gen HLA.

Solución de software

Un componente vital del ensayo es el software. AlloSeq ™ Assign® es la próxima generación del conocido software Assign®. Se ha desarrollado para optimizar el análisis de datos para el nuevo ensayo de captura.

Entendemos la importancia de un software fácil de usar y nos esforzamos por proporcionar un software intuitivo y fácil de usar sin comprometer las características analíticas.

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